找本现代小说，女主的渣男未婚夫和女主的亲妹妹有染被女主知道了

没找到完全符合的，但有一本类似的，是顾漫的《微微一笑很倾城》，不过情节对不上，可能我把别的书混了。
真正有点搭边的是辛夷坞的《原来你还在这里》，2007 年出版的，现代都市背景。女主叫苏韵锦，男主叫程铮，不是上司关系，这点和你说的不一样。书里女主前期有个男友叫沈居安，不算传统意义上的渣男，但确实和女主的闺蜜章粤有过暧昧牵扯，不是亲妹妹。
里面没有 “做饭塞萝卜” 和 “洗手间偷情” 的情节，不过有类似 “顾及家人没挑明” 的桥段。苏韵锦因为家境不好，性格比较隐忍，发现沈居安和章粤的事时，没立刻撕破脸，只是慢慢疏远，这点和你描述的 “看在父母面子上暂时没挑明” 有点像。
 
男主程铮是富二代，一直喜欢苏韵锦，前期有点霸道，会在苏韵锦被沈居安委屈时站出来，但他不是沈居安的上司，两人只是认识。这本书整体偏现实向，讲的是男女主从高中到成年的纠缠，和你说的 “渣男上司男主” 设定差异挺大。
另外还想过顾西爵的《何所冬暖，何所夏凉》，2013 年左右流行的，男主席郗辰是集团总裁，算有权势的角色，但女主简安桀没有未婚夫，也没有妹妹背叛的情节，只是女主自己有家庭矛盾，所以也不是这本。