一部小说，讲的是主人公好像是国家神秘部门的？

有一本类似的，叫《天道》，作者是梦入神机，大概是 2010 年前后在起点中文网连载的。
主角叫王超，不过他不是国家神秘部门的，而是个练武术的普通人，后来一步步接触到更高层次的力量体系。书里确实有东西方神话人物混战的设定，比如道教的三清、佛教的佛陀，还有西方的上帝、宙斯都有出场，姜子牙也在后期剧情里出现过，负责协助主角处理一些涉及 “道统” 的事。
 
不过我没印象里有九尾这个角色，可能是我把别的书混了。结局也和你说的不太一样，王超最后是融合了 “天道”，成为了类似规则本身的存在，没有结婚不当天道的情节，更没有外星飞船的设定。
这本书的标志性设定是 “拳意通神”，主角靠打拳突破自身极限，最后达到能和神魔对抗的程度。当时看的时候觉得东西方神佛碰撞的场面写得很宏大，但后期剧情有点散，好多前期角色都没怎么交代清楚。
如果你说的九尾和外星飞船是关键情节，那可能不是这本，我暂时想不起其他同时包含这些元素的书了。